Organik tarımda mücadelede üreticiyi en çok zorlayan bölüm yabani ot mücadelesidir. Yabani otlar toprağın gerçek sahipleridir ve yetiştiriciliğini yaptığımız bitkiye göre rekabet gücü daha yüksektir. Yani yabancı otlar topraktaki sudan ve bitki besin maddelerinden kültür bitkilerine kıyasla daha çok faydalanır. Soğuğa, tuzluluğa, böcek ve zararlılara daha dirençlidir. Bu sebeple kültür bitkimizi yetiştirmek için yaptığımız uygulamalar yabani otların gelişimini de teşvik eder. Yabani otların büyüyüp gelişmeleri de daha hızlıdır. Yabancı otlar kontrol altına alınmazsa yetiştiriciliğini yaptığımız bitkide % 70 lere varan kayıplara neden olur. Kendi haline bırakılmış fasulye bahçesinde mücadele edilmeyen yabani otlar üreticiyi bahçeye sokamayacak boyutlara ulaşabilir.
Ekolojik tarımda yabani ot mücadelesi tamamen iş gücüne dayalıdır. Geliştirilmiş aktif organik sertifikalı herbisitler (yabani ot ilaçları) bulunmamaktadır. Bu sebeplerle mücadele el ile yolma, çapa ile yolma veya traktör ile sürüm şeklinde yapılmaktadır. Yağan yağmurlar ve ahır gübreleri de yabancı otların popülasyonunu arttırmada etkendir. Üreticiler hasat döneminde pek çok işçiyi ot yolmak için çalıştırmaktadır.