İyi Tarım uygulamaları ile organik tarım birbirinden farklı üretim yöntemleri uygular. GDO kullanımının yasak olması, izlenebilirlik, hayvan refahı ile kontrol ve sertifikasyon aşamaları gibi pek çok ortak yönleri olsa da, organik tarımdan farklı olarak, İyi Tarım uygulamalarında sentetik kimyasal girdiler (hormonlar, pestisitler dahil tüm bitki koruma ürünleri ve sentetik gübreler) kullanılır. Bu kimyasal girdiler nedeniyle İyi Tarım ürünlerinin insan sağlığı, toprak, su kaynakları ve doğa üzerindeki etkileri organik tarım ürünleri ile karşılaştırılamaz.
